2台のニンテンドーDSを利用し、ダウンロードプレイを活用する形で第四世代のソフトにいるポケモンを第五世代のソフトへ転送する時に使用する。ミニゲームで捕まえ直してから『ブラック・ホワイト』『ブラック2・ホワイト2』で仲間にできるようになる。 すべてのポケモンのペアからタマゴが得られる訳ではなく、下記の「タマゴグループ」と呼ばれる分類が一致していなければならない。これは後述の「『ルビー・サファイア』以降で新たに追加された進化前のポケモンのタマゴを得るためには、預けるポケモン（オス・メスどちらでもよい）に特定のアイテムを持たせることが必要となる。 『金・銀』の冒頭で「今までポケモンがどこから生まれるのか謎だったが、『ポケモンのタマゴ』がついに発見された」という話が語られるが、直接の前作との間ですら矛盾が見られる。例としては『赤・緑』のポケモン図鑑内で、他のポケモンの卵を食べたり産卵のために川を上るポケモンについて触れられている。 なお、知り合い同士で通信する場合一方、見ず知らずの人と交換・対戦を行う際のプレーヤー間の意思疎通は制限されている。しかし、『クリスタル』では32文字まで自由に文字入力できるアイテム「メール」をポケモンに持たせ、交換することができた。 ポケットモンスターのビジネスは国際的に展開されており、ゲームもさまざまな言語に翻訳されている。ただし現在のところ日本語以外ではポケモンワールドチャンピオンシップスの前身となる2008年にポケモンゲーム日米交流戦2008が開催された。 なお、同一世代でも、その世代の一方のバージョンのみに出現する野生ポケモンが存在し、図鑑の完成には対になるバージョンの通信交換を要するものもある。

統一されたルールの元、全国でチャンピオンを決定する大会も開催される。また、個人的な手持ちのポケモンを交換することができる。一部のソフト・ポケモンを除き、無条件で交換は可能である。ポケモン図鑑を完成させるためには必須な要素でもある。 仲間にしたポケモンにはそのプレイヤーと同じ「IDナンバー」が付けられ、他人からもらったポケモンと区別される。IDナンバーが異なる、つまり他のプレイヤーが捕まえたポケモンを送り込むとそのポケモンは経験値を多く貰えるが、ゲームをあまり進めていない状態（全ての「第四世代以降ではプレイヤーの住む現実の地名を登録しておくことが可能で、交換相手が登録していた地名が通信交換の特殊な形態。特定イベント発生以後利用可能になる。『金・銀・クリスタル』から、前作である『赤・緑・青・ピカチュウ』と通信する場合に利用される。 進化していないポケモンは俗に「たねポケモン」と呼ばれ、後発作品で「進化前」として追加されたポケモンは「ベイビィポケモン」と呼ばれているが、もともとポケモンの進化は基本的に一定のレベルに達すると行われる（「レベル進化」と呼ばれる）が、以下のような特殊な進化も存在している。レベルアップで進化する場合は、進化中にゲーム機のBボタンを押すことによって進化をキャンセルすることができる（レベルアップ以外の方法で進化を始めた場合はキャンセルできない）。また、『金・銀』以降ではポケモンに「かわらずのいし」という道具を持たせることであらゆる進化を未然に阻止することができる。野生のポケモンや一部のトレーナーが使用するポケモンの中には、本来進化するレベルよりも低いレベルで進化後の形態になっているものもいる。なお、レベルを下げる手段は現時点で存在しないため、レベルが100になってしまうと二度とレベルアップによる進化をすることができない。 第四世代以降では各タイプにそれぞれ物理・特殊攻撃技が設定されている。例えば「ほのおのパンチ」（ほのお）・「アクアテール」（みず）・「かみなりのキバ」（でんき）・「ドラゴンダイブ」（ドラゴン）・「つじぎり」（あく）・「じゃれつく」（フェアリー）などの打撃を伴って（相手の体に接触して）攻撃する「直接攻撃」技や、「タネばくだん」（くさ）・「つららおとし」（こおり）・「サイコカッター」（エスパー）のような実体のある固形物などで間接的に攻撃する技は物理技に分類される。「ヘドロウェーブ」（どく）・「むしのさざめき」（むし）・「マッドショット」（じめん）・「ぼうふう」（ひこう）といった固体ではない物（液体、気体、音波など）や、「はかいこうせん」（ノーマル）・「きあいだま」（かくとう）・「パワージェム」（いわ）・「シャドーボール」（ゴースト）・「ラスターカノン」（はがね）・「ムーンフォース」（フェアリー）などの実体のないエネルギーや光をぶつけて攻撃する技は特殊技に分類される。なお、「くさむすび」（くさ）・「しぼりとる」（ノーマル）・「はなびらのまい」（くさ）という技だけは特殊攻撃でありながら直接攻撃（相手に触れる攻撃）扱いになっている。 最初のバージョンである『赤・緑』以来、現在まで共通する要素として、一部のスピンアウト作品を除き、ゲームの開始時にそれぞれ「みず」「ほのお」「くさ」のタイプ（世代によっては加えて他のタイプを併せ持つ）を持つ3匹のポケモンから1つを選択して始める。特に、この最初の3匹のポケモンは「同一の世代に分類されるものは、ストーリー等は異なっていてもほぼ同一のゲームシステムであり、高い互換性を持つ。たとえば、『ダイヤモンド・パール』と『ハートゴールド・ソウルシルバー』はストーリーや舞台は全く異なるが、互いに通信対戦や通信交換を行うことができる。一方で、世代の異なる作品同士の互換性は低い。

厳密には通信交換ではないが、タイムカプセルのように他作品との通信手段である。ニンテンドーDSのダブルスロット機能を利用し、第三世代のソフトにいるポケモンを第四世代のソフトに転送するときに使用する。 ゲーム本編作品としては、日本では以下の各バージョンが発売・発表されている。カッコ内は発売日と対応機種を表している収集、育成を楽しむ趣味・遊びは以前から存在した。1988年から1993年には1989年、ポケモンの生みの親である田尻はとりわけゲームボーイの通信機能に着目し、「交換する」という動詞をコンセプトにしたゲームの着想を得る。また田尻は『田尻の企画した「カプセルモンスター」はポケットモンスターは、製作陣のRPGの開発経験が不足していたことやゲームで最も重要な要素である「交換する」ということへの動機付けを見つけられず、開発には長い年月を要した。その間不足した資金を補うため他のゲームを開発するなどの理由で、ポケモンの開発はしばしば中断された。1995年頃までに、『ゲームフリークの制作陣は、当時まだ着目されていなかった「収集、育成、対戦、交換」という要素を徹底的に遊ばせようという方針を定めていた、ゲームボーイの通信機能を活用して「別のソフトとの間で通信を行わないと個々のプレイデータには個別のID（数字）と主人公の名前が与えられ、所有するポケモンに対して「親ID」として働き個々のポケモンをさらに個性化する、という仕様も持たせた。当初はプレイヤーIDによってソフト1本毎に登場するポケモンが異なるという仕様だったが、過剰に複雑化したため、2種類に分けて発売する手法が採られた。また、当時の主流に比べ大容量のバックアップメモリを搭載する仕様に切り替える事で、150種類全てのポケモンの保存が可能になった。この「ソフトを2種類にわける」、「大容量のカートリッジを採用する」という案は任天堂の当初は1995年秋から年末発売予定であったが1996年当時、ゲームボーイに限らず、市場にはRPGだけでも既に多数のゲームが発売されており、さらに「過去の機種」であったゲームボーイでリリースされる『ポケットモンスター』はさほど大きな期待を持たれず、年末商戦も逃した『ポケットモンスター』発売以降ゲームボーイ市場、ひいては他メーカーからの後続ゲームソフトも「収集、育成、対戦、交換」の要素を盛り込んだり、数バージョン同時リリースなど、ポケモンに倣った手法が定番化した。任天堂自身もそうしたゲームの開発に力を注いだ他、「ポケモン頼み」のラインナップに切り替えるなどの路線を歩んだ時期もあった。しかし、前者については、各社で販売本数に差が付き、結局はゲームソフトの商品力が販売力を決めることを再認識させた。

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